Tyro3、Axl 和Mertk（TAM）受体在多种生理和病理过程中发挥着重要的作用，包括介导吞噬细胞对凋亡细胞和细胞碎片的清除、维持免疫和炎症稳态、维持血脑屏障完整性和中枢神经系统稳态，介导肿瘤恶性转化及化疗耐药等。生长阻滞特异性基因6（growth arrest-specific gene 6, Gas6）和蛋白质S（protein S, Pros1）是激活TAM受体的两种配体。最近报道，TAM 受体以“凋亡模拟”的方式介导多种包膜病毒的细胞进入和感染。TAM受体在病毒进入和感染期间被激活，并抑制天然免疫和炎症反应，促进病毒复制和免疫逃逸。然而在体内，这些病毒感染并不需要TAM受体。此外，TAM受体可保护小鼠中枢神经系统免受神经侵袭性病毒的感染，减轻脑炎时的脑病理损伤。这些保护作用是通过维持血脑屏障的完整性，减少炎性细胞因子的产生，以及促进神经细胞的存活而实现的。TAM受体还调节了病毒感染细胞的程序性死亡过程，从而影响病毒感染的发病过程。本文系统地综述了TAM受体在各种病毒感染过程中的多样性作用及其机制，并讨论了TAM受体拮抗剂在预防病毒性脑炎发病中的潜在应用。

传统的流感疫苗需要根据WHO针对当年可能的流行病毒株所做的预测逐年更新，且往往由于预测不精确导致疫苗保护效果有限。通用疫苗能够对多种（或全部）流感病毒亚型提供广谱和持续的保护，具有巨大的开发和应用价值。流感病毒中高度保守抗原表位的发现对于通用疫苗的设计提供了针对性的靶标。本文综述了流感病毒广谱保守性抗原表位的前沿进展，并深入探讨了新型流感通用疫苗的设计和开发策略。

毛皮海豹粪便相关环状病毒(FSfaCV)属未分类环状复制相关蛋白(Rep)编码单链(CRESS)DNA病毒家族成员，目前已在毛皮海豹和猪粪便组织中被检测发现，但其生物学和流行病学特征尚不清楚。为了解我国猪群体内该病毒多样性，我们利用宏病毒组学方法对来源于安徽省猪群鼻拭子样本进行病毒检测。经分析发现，12个组装序列(contig)与FSfaCV的基因组序列表现出较高的核苷酸相似性。我们利用重叠PCR方法并测序获得了病毒的全长基因组序列，并将该病毒命名为FSfaCV-CHN(GenBank No.MK462122)。该病毒分别与新西兰株FSfaCV-as50和日本株FSfaCV-JPN1的全基因组核苷酸相似性分别为91.3％和90.9％。基于Rep基因的系统发育分析结果显示该病毒与之前的两株毛皮海豹粪便相关环状病毒同属于单一分支，与环病毒科(Circoviridae)和杆菌DNA病毒科(Bacilladnaviridae)成员遗传关系较为紧密。此外，进一步的流行病学调查显示该病毒的阳性率为56.4％(111/197)。本研究首次报道在中国猪体内检测到FSfaCV的存在，为后续进一步的流行病学研究以评估该病毒对猪的影响提供基础。

2018年6至7月在我国江西省10个县共采集到22 986只蚊虫，57 500只蠓虫。在蚊虫标本中使用组织培养法分离到6株ZIK病毒，其中4株病毒分离物来自中华按蚊，2株病毒分离物来自三带喙库蚊。病毒基因组氨基酸序列分析结果显示，此次从中华按蚊和三带喙库蚊分离ZIK病毒毒株与2015年在南美洲大流行的ZIK病毒毒株具有5个相同的氨基酸变异位点；病毒基因组分子遗传进化分析结果显示，此次分离的6株ZIK病毒毒株均属于基因2型ZIK病毒，与2007年至2014年在南太平洋地区流行的ZIK病毒处于同一进化分支，提示本次分离的ZIK病毒可能早于2018年即已经在当地存在。本研究不仅是在中国江西省自然界采集的蚊虫标本中首次分离倒ZIK病毒，也是国际上首次从中华按蚊和三带喙库蚊中分离到寨卡病毒。鉴于中华按蚊和三带喙库蚊在中国以至于亚洲东部和南部地区具有十分广泛的地域分布范围，本研究从这两种蚊虫分离到多株ZIK为中国大陆乃至具有同样蚊虫分布的国家和地区ZIK病毒感染的预防控制提出了新的挑战。

我国于2001年首次从香港检测到欧亚类禽猪流感病毒，随后越来越多的监测工作在中国进行。目前，欧亚类禽猪流感病毒在猪群中逐渐流行。然而，目前欧亚类禽猪流感病毒的流行和基因多样性还没有系统的研究。因此，本研究收集了从2001-2018年中国的欧亚类禽猪流感病毒序列，进行了欧亚类禽猪流感病毒的进化和基因多样性分析。经过长期的进化，欧亚类禽猪流感病毒持续和其他流行的猪流感病毒包括2009甲型H1N1流感、经典猪流感和三源重配H1N2进行重配，共产生11种基因型。基因型3和5由欧亚类禽猪流感病毒、2009甲型流感病毒和经典猪流感病毒重配而成，两者M基因来源不同，目前在猪群中逐渐占据主导地位。此外，许多关键的分子标记已经在欧亚类禽猪流感病毒中出现。本研究系统的分析了欧亚类禽猪流感病毒基因多样性，有助于评估和应对流感大流行的潜在风险。

PPgV属于黄病毒科瘟病毒属内的成员。作为一种新发病毒，PPgV已在德国，美国，中国，波兰，意大利和英国猪群中被报道，表明其地理分布广泛。在本项回顾性研究中，在2016至2018年间，我们共收集了来自广东省20个不同规模化猪场的339份猪血清样本，以调查PPgV在该地区的流行情况和遗传多样性。巢式RT-PCR检测结果显示，55％（11/20）的猪场为PPgV阳性，其中血清样品的总阳性率为6.2％（21/339）。2016至2018年间，PPgV的样品阳性率从2.6％上升到7.5％。对阳性样品进行基因测序，成功获得2个完整的多聚蛋白基因和7个部分NS5B基因序列。多聚蛋白基因的比对分析显示，本研究中获得的PPgV序列与参考序列的核苷酸同源性为87.4％–97.2％，氨基酸同源性为96.5％–99.4％。同时，遗传进化树分析结果显示，广东省的PPgV序列与来自美国的毒株序列具有最高的遗传相似性。总之，研究表明PPgV在广东省猪群中广泛分布，这些结果将有助于进一步了解PPgV在中国的流行病学特征和遗传进化。

手足口病（HFMD）是儿童常见传染病，已成为亚太地区重要公共卫生问题之一，在我国尤为严峻。HFMD主要由多种A组肠道病毒血清型感染所致，其以轻症为主；少数患者会发展成重症，出现神经系统并发症。为了分析主肠道病毒主要血清型的分子特征，于2013~2016年在湖南省安化县开展前瞻性HFMD病毒学监测项目。纳入疑似HFMD住院病例，并采集其粪便、肛拭子和咽拭子标本。首先，使用荧光RT-PCR和巢式RT-PCR进行病原谱鉴定。然后对肠道病毒A71（EV-A71），柯萨奇病毒A16（CVA16）和CVA6的全长VP1进行测序。最后，基于VP1分析病毒分子系统发育和氨基酸位点变异情况。本研究纳入2836例疑似HFMD住院病例，结果显示2,517名（89%）为确诊病例。最常见的血清型是CVA16（32.5%，819）、CVA6（31.2%，785）和EV-A71（20.4%，514）。与以往研究一致，EV-A71 C4a、CVA16 B1b和CVA6 D3a分支一直是我国肠道病毒的主要循环毒株。本研究获得的VP1序列未发现重组现象。氨基酸序列分析揭示了在EV-A71、CVA16和CVA6的VP1区域（与相应的原型毒株BrCr、G10和Gdula相比）分别存在30、29和44个突变位点。此外，发现大部分EV-A71毒株（21/24，87.5%）都存在与病毒高毒力和嗜神经性有关的氨基酸突变位点D31N。本研究丰富了HFMD相关肠病毒主要血清型的遗传特性。但仍需进一步的实验研究来验证本文所述的肠道病毒上氨基酸突变位点的作用。

Circular RNAs (circRNAs) 属于非编码RNA的一种，具有不同的生物学功能。但是，其在猪伪狂犬病病毒（PrV）感染过程中的作用还不是很清楚。在此，我们对PrV Ⅱ型强毒株（DX株）及gE/TK缺失的弱毒株（gE-/TK-株）感染的PK-15细胞中circRNAs的表达谱进行了分析。在强毒感染的细胞中鉴定出449条差异表达的circRNAs（其中233下调，216条上调）；弱毒感染的细胞中鉴定出578条差异表达的circRNAs（其中331下调，247条上调）；强毒和弱毒感染的细胞相比，共有459条差异表达的circRNAs（其中164下调，295条上调）。随机选取13条circRNAs通过相对荧光定量（RT-qPCR）进行检测，结果与高通量测序相一致。通过find_circ, DESeq2, miRanda 和 psRobot等生物学软件对差异表达的circRNAs吸附miRNA的功能进行了预测。在构建的circRNA-miRNA-mRNA网络图中，一些具有潜在抗病毒功能的miRNA（如miR-210 和 miR-340等）被预测到。差异表达circRNAs的GO和KEGG分析中，细胞代谢、蛋白结合、RNA降解及细胞骨架调节等通路被富集。这些发现可为进一步了解PrV Ⅱ型在感染过程中和细胞之间的机制提供有用的信息。

人类抗粘病毒蛋白2（Mx2/MxB）是干扰素诱导的动力蛋白样GTP酶超家族的一员，可以抑制许多病毒复制。MxB通常干扰病毒进入靶细胞后的复制步骤，发挥抗病毒功能普遍需要其形成二聚体或寡聚体，但其GTPase活性（包括GTP结合和GTP水解）在抑制不同病毒中的作用不同。为了更加清楚地了解MxB GTPase活性在限制HIV-1复制中的作用，我们分别对MxB的GTP结合和GTP水解功能进行突变，评估这两种功能在限制HIV-1复制中的贡献。我们发现MxB的GTP结合和水解功能都参与其抑制HIV-1复制的过程。 MxB完整的GTPase活性有助于其定位在细胞核，与核孔蛋白和HIV-1衣壳蛋白相互作用。此外，MxB依赖其GTPase活性破坏核孔蛋白与HIV-1衣壳蛋白的结合。因此，MxB的GTPase活性在抑制HIV-1复制中的作用是多方面的，野生型MxB和GTPase活性缺陷MxB突变体采用完全不同的机制来抑制HIV-1复制。

肠道病毒A71（Enterovirus A71，EV-A71）是手足口病（hand, foot, and mouth disease，HFMD）的主要病原体。HFMD常伴严重的神经系统病变，但其产生机制不明确。TAR DNA结合蛋白43（TAR DNA-binding protein 43，TDP-43）在细胞中的异常位定及聚集是肌萎缩性嵴髓侧索硬化症（amyotrophic lateral sclerosis，ALS）的突出病理表现。然而，EV-A71 感染是否对TDP-43产生影响目前仍未知。本研究发现，EV-A71感染导致 TDP-43的剪切；而导致TDP-43剪切体生成的原因是EV-A71的复制，而不是病毒感染所致的细胞凋亡引起的caspases的活化。EV-A71对TDP-43的剪切发生在TDP-43的331Q 与 332S之间，是由病毒的3C蛋白酶引起的；突变的TDP-43 (Q331A)则不被剪切；如将3C蛋白酶突变使其失去蛋白酶活性，TDP-43也不被剪切。本研究还发现，EV-A71的2A蛋白酶可诱导 TDP-43从细胞核转移到细胞质。综合以上结果，本研究表明，EV-A71感染可导致TDP-43的剪切和异常定位，提示TDP-43可能与EV-A71的发病机制有关。

随着免疫压力的增加，汉滩病毒(Hantaan virus，HTNV)和汉城病毒(Seoul virus，SEOV)的变异株越来越多。两种病毒是否已发生进化，进而使得肾综合征出血热(hemorrhagic fever wiht renal syndrome，HFRS)疫苗无效尚无定论。由于传统的噬斑减少中和试验(plaque reduction neutralization test，PRNT)需要大量的野生病毒株，无法用于HTNV和SEOV中和特性的日常密切监测。本研究中我们以水疱性口炎病毒(vesicular stomatitis virus ，VSV)为骨架成功构建汉滩假病毒(VSVΔG*-HTNVG)和汉城假病毒(VSVΔG*-HTNVG)，并在此基础上建立稳定的中和抗体检测方法(pseudovirus-based neutralization assays，PBNA)。同时以HTNV和SEOV的膜蛋白质粒作为模板进行定点突变，成功构建53个汉滩假病毒突变株和46个汉城假病毒突变株，并用PBNA进行检测。结果显示：汉滩假病毒和汉城假病毒PBNA检测结果与野生病毒的PRNT检测结果均具有高度相关性，相关系数分别为0.91和0.82。且HTNV和SEOV免疫豚鼠血清均可以中和相应的假病毒突变株。结果表明，该PBNA方法适用于出血热疫苗保护效果的日常密切监测，且截至目前该疫苗尚可保护HTNV和SEOV的变异株。

西尼罗河病毒(West Nile virus, WNV)是一种重要的嗜神经黄病毒，在全球广泛分布。在我国新疆首次分离到WNV（XJ11129），但是其遗传和生物学特性尚不清楚。本研究通过系统发育和序列分析，发现XJ11129属于世系1a，与高致病性菌株NY99具有高度的遗传同源性。使用改良的Gibson assembly (GA)方法扩增并组装了XJ11129全长基因组cDNA，在几天内将该病毒被成功获救(命名为rXJ11129)。与NY99进行比较发现，rXJ11129在动物水平与NY99毒力相近。综上，我们对rXJ11129的基因组和毒力表型进行分析，这些数据将有助于我们更好地理解这一新生病毒的传播和发病机制。

带状疱疹亚单位疫苗Shingrix在安全性和有效性方面均优于减毒苗Zostavax，但其不可冻干的脂质体载体系统和天然来源的佐剂组分QS21产能受限有待进一步改进。使用双乳化媒蒸发法、基于在冷冻干燥和复水过程中表现稳定的聚乳酸-聚羟基乙酸共聚物载体系统，我们使用水痘-带状疱疹糖蛋白E作为抗原、包裹的核酸（包括双链聚胞嘧啶核苷酸和单链寡聚脱氧核苷酸）作为免疫刺激物制备了一系列的纳米颗粒。尽管相对于表面包裹一层中性脂质，表面包裹一层阳离子脂质（尤其是抗原糖蛋白E被同时包裹在颗粒内部和展示于颗粒表面的情况下）更有助于诱导针对糖蛋白E的细胞免疫应答，表面不包裹任何类型脂质的纳米颗粒诱导出了最高的抗体滴度和最强的细胞免疫应答，包括经流式细胞分析术验证的脾脏淋巴细胞中最高比例的分泌干扰素γ和白介素2的CD4阳性和CD8阳性T细胞，以及经酶联免疫斑点检测验证的数量最多的分泌干扰素γ和白介素2的脾脏淋巴细胞。以上结果表明核酸佐剂辅以聚乳酸-聚羟基乙酸共聚物载体系统在用于开发安全、经济的水痘和带状疱疹疫苗方面具有较好应用前景。

病毒受体是病毒感染宿主细胞的关键。目前，病毒受体的鉴定非常困难。在先前的研究中，我们发现人类病毒受体蛋白具有较高的N-糖基化水平、较多的蛋白相互作用以及较高的表达量。本研究基于人类病毒受体的独有特征和蛋白序列，建立了一个从人类细胞膜蛋白中预测人类病毒受体蛋白的随机森林模型，并得到1424个人类细胞膜蛋白可能作为人类病毒的潜在受体。通过整合先前研究中人类与病毒的蛋白相互作用预测结果，进一步预测了693个人类病毒（如肠道病毒、诺如病毒和西尼罗河病毒等）的受体。最后，我们预测了新型冠状病毒的潜在受体。本研究是对人类病毒受体组预测的首次尝试，将极大的促进病毒受体的鉴定。

基孔肯雅病毒（CHIKV）是一种虫媒传播的新发再发传染病。人感染后主要临床表现为发热、皮疹、头痛和关节痛。自2019年9月以来，在中缅边境的云南省瑞丽市发现100多例CHIKV感染，多数为非输入性病例。值得关注的是，在此次流行期间出现了CHIKV在围产期的垂直传播。本文报告了两例瑞丽市人民医院的围产期CHIKV垂直传播病例。一例为双胎妊娠的缅甸孕妇，另一例为中国孕妇。孕妇和新生儿的CHIKV感染经RT-PCR确诊。三名新生儿均有明显感染症状，包括皮疹、发热和新生儿高胆红素血症，但不伴有神经系统症状。患者经治疗后均康复出院。中缅边境地区CHIKV的传播，特别是围产期垂直传播的检测具有重要意义，提示需加强对CHIKV的流行和预防研究。

丙型肝炎病毒是人类肝病的主要病因。在本文中，在我国南方肉类市场采集的禽类肝脏中检测到一种新的肝炎病毒（鸭丙型肝炎病毒）。通过PCR及测序获得了其中一株病毒全基因组序列，并命名为GD-61。生物信息学分析表明国内鸭丙肝炎病毒存在基因多样性。病毒重组分析表明国内一株鸭丙肝炎病毒（HCL-2）为重组毒株，其主要亲本毒株（HCL-1）及次要亲本毒株（GD-61）均为国内流行鸭丙肝炎病毒毒株。重组事件发生在多个病毒基因（Core、E1、NS2、NS3、NS5B）。本研究为鸭丙肝炎病毒遗传演化方式的进一步研究奠定了基础。

本文通过高通量测序技术从中国云南省三带喙库蚊中分离出一株新型奥姆诺河病毒。奥姆诺河病毒属于单分病毒科，未分类病毒属。本研究分离的病毒可以在C6/36细胞细胞中增殖并引起细胞病变。电镜结果显示该病毒颗粒为直径25 nm左右的球形结构，比文献中报道的其他单分病毒直径更小。高通量测序分析结果显示该病毒基因组全长7614 bp，可以编码衣壳蛋白和RNA依赖的RNA聚合酶两个蛋白。基于RNA依赖的RNA聚合酶的系统发育分析结果显示单分病毒科存在6个潜在的属，本研究中发现的新型奥姆诺河病毒应属于Giardiavirus病毒属。

鼠痘病毒ECTV是一种能在大多数小鼠体内引起鼠痘症状的正痘病毒，对实验鼠群致死率高，影响小鼠实验，污染实验小鼠相关的动物制品。ECTV与天花病毒、猴痘病毒关系密切，是研究痘病毒发病机制的理想模型和遗传资源。本研究从实验小鼠体内分离到一株新的ECTV毒株，获得的全基因组序列包含205个基因。对该毒株代表性基因的突变、缺失和插入进行了分析，发现该毒株的包涵体蛋白基因（ATI）存在大片段缺失，且在感染细胞中不能观察到包涵体形成；而含有全长ATI基因的ECTV毒株感染细胞可以形成包涵体。本文还探讨了该ECTV分离株对近交系和封闭群小鼠的致病性，以及ATI缺失可能对ECTV病毒特性的影响。此外，ECTV新毒株的鉴定和分离也提示当地实验小鼠仍然存在鼠痘感染流行的风险，建议应继续加强动物实验室管理及在开展动物实验前对小鼠进行检测排除ECTV隐性感染的必要性。