2022年37卷1期
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基于CRISPR的基因编辑在HIV-1/AIDS治疗中的研究进展
2022, 37(1): 1 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.017
收稿日期: 2021-07-31
录用日期: 2021-11-15
尽管在预防HIV-1感染和治疗艾滋病(AIDS)方面做出了巨大努力，HIV-1/AIDS仍然是全球人类健康的重大威胁。目前广泛使用的联合抗逆转录病毒疗法（Combination antiretroviral therapy，CART）虽然可以抑制HIV-1复制，但不能彻底清除整合在人免疫细胞基因组中的前病毒DNA，该方法需要艾滋病患者终身服药进行治疗，长期的药物治疗会带来多种副反应。近年来，成簇的规律间隔的短回文重复序列及其相关蛋白9[clustersd regularly interspaced short panlindromic repet (CRISPR) /CRISPR-associated nuclease 9（Cas9），CRISPR/Cas9]基因编辑系统被利用并开发设计成了一种抵御HIV-1感染和治疗艾滋病的有效工具。此外，一些来自于或功能类似于CRISPR/Cas9的新基因打靶工具，例如碱基编辑器(base editor)、启动编辑器(prime editing)、SHERLOCK、DETECTR、PAC-MAN、ABACAS、pfAGO等，已经被开发和优化并用于病原体检测和疾病的治疗。本文综述了近年来HIV-1/AIDS基因治疗的最新研究进展，并结合HIV-1感染的新分子机制提供了更多的基因编辑靶点。该文章还论述了这些新的基因编辑技术在未来HIV-1/AIDS治疗中的新策略和潜在应用。此外，我们讨论了这些多功能基因编辑工具在临床使用之前值得注意并解决的关键问题。最后，我们提出了改进基因编辑在HIV-1/AIDS基因治疗中的替代方案。
逆转录病毒的多样性和进化：病毒“化石”视角
2022, 37(1): 11 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.019
收稿日期: 2021-08-18
录用日期: 2021-10-12
逆转录病毒广泛感染脊椎动物，可引起多种疾病。逆转录病毒的复制过程需要将病毒的遗传物质RNA逆转录成DNA并整合到宿主基因组中。当逆转录病毒感染生殖细胞时，整合的逆转录病毒便会从亲代遗传到子代，形成内源性逆转录病毒。内源性逆转录病毒记录了远古发生的病毒感染事件，因此为研究逆转录病毒的远古进化提供了重要的“分子化石”。本文从病毒“化石”视角系统总结了关于逆转录病毒多样性和进化的最新研究进展，并探讨了内源性逆转录病毒对宿主生物学进化的影响。
云南省景洪市登革热患者恢复期不同阶段血清流行病学调查
2022, 37(1): 19 doi: 10.1016/j.virs.2021.12.001
收稿日期: 2021-04-29
录用日期: 2021-08-28
登革热患者恢复期血清抗体的衰减变化规律与感染风险及预后密切相关。机体感染登革病毒（dengue virus, DENV）后，体内的中和抗体随时间的推移逐渐下降至亚中和浓度时，极易因抗体依赖性增强效应（antibody dependent enhancement, ADE）促进重症登革的发生。本队列研究收集了云南省景洪市2013年登革热患者恢复期不同阶段的血清样本，探究DENV特异性抗体的动态变化规律，分析再次感染异血清型DENV发生ADE的风险。我们于2017年和2019年分别采集191份四年恢复期及99份六年恢复期血清样本。四年恢复期血清DENV特异性IgG阳性率为98.4%，而六年恢复期血清IgG阳性率下降至82.8%；同时中和抗体几何平均效价由1:155.35下降至1:46.66。在290个总体样本中，73名连续追踪患者同时参加了2017年和 2019年回访。在连续追踪样本中，四年恢复期血清针对DENV-3中和抗体以及DENV-1、DENV-2和DENV-4交叉反应性抗体几何平均效价分别为1:167.70、1:13.80、1:18.54和1:45.26；两年后，其效价分别下降至1:53.18、1:10.30、1:14.60和1:8.17。在ADE风险分析中，随着恢复期延长，31-40岁和51-60岁年龄组连续追踪患者在2019年样本中针对DENV-4的ADE阳性人数增加，导致再次感染DENV-4发生ADE的风险增加，而再次感染DENV-1和DENV-2发生ADE的风险降低。本研究对登革高发区域重症登革的风险预测以及登革疫苗的相关研究提供了重要实验依据。
重症COVID-19患者中SARS-CoV-2亚基因组RNA动态特征
2022, 37(1): 30 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.008
收稿日期: 2021-04-28
录用日期: 2021-12-29
人们对于感染2019新型冠状病毒(COVID-19)患者的亚基因组RNA (sgRNA)动态变化知之甚少。所以我们收集了来自117例中国LOTUS试验(ChiCTR2000029308)的COVID-19患者的147个咽拭子、74个肠道拭子和46个血浆样本，并比较了不同病程、结局和合并症的患者E基因和orf7a 基因sgRNA载量。在三种类型样本中均检测到这两种sgRNA, E sgRNA可检测到的最长时间为25、13和17天，orf7a sgRNA可检测到的最长时间分别为32、28和17天。治疗10天后，95%(57/60)的患者未检测到E sgRNA，但仍有86%的患者E RNA阳性。同一样本中E基因和orf7a基因的sgRNA含量高度相关。标准治疗组和洛匹那韦-利托那韦组的sgRNA变化相似。糖尿病和心脏病患者治疗后第1天的咽部E sgRNA较无此类合并症的患者高(P = 0.016和0.013)，而第5天则无差异。合并高血压和脑血管疾病患者在治疗1天后和5天后咽部sgRNA水平与没有这两种合并症的患者相比均无差异。初始感染时E sgRNA水平与发现感染后10天血清内抗刺突蛋白、核蛋白和受体结合域抗体水平无相关性。sgRNA在COVID-19患者中持续时间较长，可能对体液免疫影响不大。
高致病性H7N9禽流感病毒的裂解位点处碱性氨基酸和非碱性氨基酸的联合插入促进鸡和小鼠的致病性
2022, 37(1): 38 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.001
收稿日期: 2021-04-02
录用日期: 2021-07-22
自2016年中旬以来，低致病性H7N9流感病毒在我国演变为高致病性H7N9流感病毒，对家禽产业和公共卫生构成了极大的威胁。在高致病性H7N9流感病毒流行的早期，其裂解位点主要插入“KRTA”基序。随着H7N9流感病毒的传播，禽源和人源高致病性H7N9流感病毒的裂解位点更具有多态性，表现出碱性和非碱性氨基酸插入和氨基酸的替换，但这些插入和替换的潜在功能仍不清楚。在这里，我们通过反向遗传技术拯救出6株携带PEIPKGR/G、PEVPKGR/G、PEVPKRKRTAR/G、PEVPKGKRTAR/G、PEVPKGKRIAR/G和PEVPKRKRR/G基序的H7N9流感病毒。我们的研究结果表明，PEVPKRKRTAR/G基序的氨基酸插入在我国流行的高致病性H7N9病毒中占主导地位。有趣的是，删除H7N9病毒裂解位点的苏氨酸和丙氨酸后，H7N9病毒显著降低了热稳定性并且降低小鼠致病性。含有PEVPKRKRTAR/G基序的病毒在鸡上能够增强致病性，但是与其他高致病性H7N9病毒相比，其在鸡上的传播能力有所降低。以上结论解释了为何含有PEVPKRKRTAR/G基序的H7N9病毒在我国能够持续流行。与此相反，携带异亮氨酸和丙氨酸的H7N9病毒可降低鸡的传播率和小鼠的毒力。值得注意的是，H7N9病毒的HA蛋白的I335V氨基酸突变能够显著增强鸡的致病性和传播能力，表明H7N9的碱性氨基酸和非碱性氨基酸的联合插入以及裂解位点处I335V的替换促进了鸡和小鼠的复制能力和致病性。随着H7N9病毒的不断进化，其对家禽养殖业和人类健康的威胁越来越大，因此需要加强H7N9病毒的全面监测和预防。
核仁素通过与兔出血症病毒RdRp，p16，p23相互作用促进病毒复制
2022, 37(1): 48 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.004
收稿日期: 2021-06-23
录用日期: 2021-09-15
兔出血症病毒（RHDV）是杯状病毒科的一员，不能在体外繁殖，阻碍了对其复制机制的研究进展。前期，我们构建了RHDV 复制子系统为探索RHDV 在细胞中的复制机理提供了一个平台。本研究借助该复制子系统，并利用两步亲和纯化，鉴定了与 RHDV 复制酶RdRp相关的宿主因子。我们发现宿主蛋白核仁素 (NCL) 与病毒RdRp 直接相互作用。同时，我们还发现 在RK-13细胞中，NCL 过表达显著增强RHDV的复制，而敲低NCL则严重破坏该病毒的复制。此外，我们还发现 NCL 与病毒非结构蛋白P16 和 P23 也存在直接相互作用。并且，敲低细胞内的NCL显著下调RdRp 与相关宿主因子的结合。这些结果表明宿主蛋白 NCL 对于 RHDV 复制是必不可少的，并且充当病毒复制酶和宿主蛋白之间的桥梁。
长江病毒宏基因组分析扩充了淡水中原核和真核生物病毒的多样性
2022, 37(1): 60 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.003
收稿日期: 2021-07-21
录用日期: 2021-09-03
水生态系统中包含着极其丰富多样的病毒群，但目前对江河水中的病毒组成情况却知之甚少。本研究使用病毒宏基因组学方法探究了长江三角洲水域的病毒群特征，分析比较了6个采样点的病毒组。虽然各采样点病毒组在物种丰度上有细微差异，但总体上组成相似，均以有尾噬菌体目(Caudovirales)为主，并且淡水噬菌体种(Freshwater phage uvFW)也在各样本中普遍存在。位于南京的病毒群具有独特的组成特征，其中细小病毒科(Parvoviridae)的丰度较高。基于各病毒群特征基因的系统发育分析显示，有尾噬菌体目和CRESS-DNA病毒具有较高的遗传多样性。相反，微小噬菌体科(Microviridae)、细小病毒科(Parvoviridae)和核糖病毒域(Riboviria)的病毒相对保守。本研究首次揭示了大型江河生态系统中病毒群的组成结构及其多样性和保守性，有助于淡水资源的合理利用。
IPEC-J2细胞感染PEDV强毒株和弱毒株后的转录组学分析
2022, 37(1): 70 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.011
收稿日期: 2021-07-28
录用日期: 2022-01-07
猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)是引起猪腹泻、呕吐和死亡的主要原因，给全球养猪业造成了毁灭性的经济损失。近年来，随着RNA测序技术的发展，宿主感染PEDV后的晚期反应得以被研究；然而，目前尚没有针对宿主感染PEDV强毒株和弱毒株后早期反应的研究。因此，我们对猪肠道上皮细胞（IPEC-J2）感染PEDV强毒株(GDS01)或弱毒株(HX)3、6和12 h后的表达谱进行转录组学测序分析。结果显示，超过一半的差异表达基因在两个感染组中均表现出下调表达的模式。功能富集分析显示，GDS01组差异表达基因主要与自噬和凋亡通路相关，而HX组差异表达基因主要在免疫应答/炎症反应通路中富集。在差异表达基因中，TLR3和IFIT2基因与HX和GDS01毒株的增值速度有关，并通过TLR3抑制试验和IFIT2过表达试验在体外进行了验证。TLR3通过增强IFIT2的表达从而抑制了HX株的复制，而对GDS01株没有显著影响。综上，我们的研究揭示了PEDV强毒株和弱毒株感染早期基因表达模式和细胞过程/通路的异同，这些发现可能为控制PEDV的感染及新型治疗方法的研制奠定基础。
病毒宏基因组学揭示腹泻儿童粪便样品中存在多种病毒
2022, 37(1): 82 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.012
收稿日期: 2020-08-09
录用日期: 2021-12-06
腹泻是发展中国家五岁以下儿童死亡的第三大原因。每年约有50万儿童死于腹泻，其中大部分发生在发展中国家。病毒是腹泻的主要病原体。在中国，对于腹泻儿童粪便病毒组的研究较少。使用无偏差病毒宏基因组学方法，我们分析了腹泻儿童的粪便病毒组。在这些粪便样本中发现的许多与腹泻相关的DNA或RNA病毒主要来自腺病毒科、星状病毒科、杯状病毒科、细小病毒科、小核糖核酸科和呼肠病毒科。其中，杯状病毒科所占比例最大，为78.42%，其次是腺病毒科（8.94%）和小核糖核酸科（8.36%）。除了那些已经被证实能引起人类腹泻的腹泻相关病毒外，还发现了与腹泻无关的病毒，包括指环病毒和双小RNA病毒。这项研究不仅增加了我们对腹泻儿童粪便病毒组的了解，并为该地区病毒性腹泻的预防和治疗提供了有价值的资料。
筛选用于抗黄病毒感染的新型脱氢表雄酮合成衍生物
2022, 37(1): 94 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.007
收稿日期: 2021-03-15
录用日期: 2021-10-12
黄病毒是重要的蚊媒传播的病原体，对全球人类和动物健康造成了严重的危害，但目前仍没有有效的针对黄病毒的治疗药物。脱氢表雄酮 (DHEA) 是一种天然存在于人体内的肾上腺衍生类固醇，与预防各种感染有关。在本研究中，对32种DHEA合成衍生物进行了抗黄病毒效果的检测。根据初步筛选，HAAS-AV3026 和 HAAS-AV3027 用于后续实验，这些衍生物对 JEV（IC50= 2.13和1.98 μM）和 ZIKV（IC50= 3.73和3.42 μM）表现出很强的抗病毒活性。机制研究表明，两种衍生物对黄病毒的吸附和入侵过程没有抑制作用，但是在复制阶段显著抑制黄病毒感染。此外，间接免疫荧光检测、蛋白质印迹分析和荧光定量PCR反应揭示了 DHEA 衍生物在抑制病毒感染、蛋白质生成和病毒 RNA 合成方面对 JEV 和 ZIKV 的强效抗病毒活性。综合起来，我们的结果可能为开发针对黄病毒的新抗病毒药物奠定了基础。
一种新的荧光素酶免疫沉淀法分析方法为发热伴血小板减少综合征的漏诊提供了血清学证据
2022, 37(1): 107 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.018
收稿日期: 2021-08-11
录用日期: 2021-10-12
SFTS病毒（SFTSV）感染引起的严重发热伴血小板减少综合征（SFTS）2010年在中国首次报道，致死率高达30%。通过检测病毒RNA或抗体水平来确认SFTSV感染对于SFTS的诊断和治疗至关重要。本研究建立了一种新型的荧光素酶免疫沉淀系统（LIPS），该系统pREN2质粒系统融合表达SFTSV 核蛋白NP与海参荧光素酶（Rluc），通过测定Rluc的酶活反应水平检测血液样本中抗SFTSV抗体应答水平。对2019年从浙江省绍兴市医院共采集的464份发热患者血清样本进行LIPS检测，发现4有82例病人（17.7%）为SFTSV抗体阳性。该结果也得到了免疫荧光实验验证。此外，qRT-PCR和微量中和实验显示，82例阳性病例中，有15例患者有病毒血症，10例患者血清表现病毒中和活性，1例患者血清样本中同时检测到病毒血症和中和抗体，提示至少有上述共26例患者存在对SFTSV的感染暴露。然而，回顾患者医疗诊断记录和疾病相关临床检测指标，显示这些患者均没有被诊断为SFTS，可能与他们的症状轻微或亚临床表现有关。因此，研究结果提示：很可能存在SFTS漏诊病例， SFTS的实际发病率很可能高于记录和报告的水平。研究也证明了LIPS作为一种新兴的总抗体水平检测方法，可以成为SFTSV感染病例的实验室确诊的一种有效的手段。
寨卡病毒E蛋白编码序列上的单一非同义突变导致体内神经毒性显著增加
2022, 37(1): 115 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.021
收稿日期: 2021-09-09
录用日期: 2021-10-20
寨卡病毒可以感染包括人类胎儿发育性大脑在内的多种组织。特定的病毒基因变异是否与神经病理学有关尚不完全清楚。为了解决这一问题，我们在新生小鼠中连续传代了一株寨卡病毒临床分离株 (SW01)，发现连续传代可导致病毒毒性显著增加和神经向性的变异。深度测序分析结合分子病毒学研究表明，E蛋白上第67位氨基酸单一位点天冬氨酸（D）到天冬酰胺（N）的突变（D67N）足以显著增加病毒毒力和体内神经嗜性。值得注意的是，D67N突变的病毒克隆在体外的人神经星形胶质细胞U251细胞中具有更高的病毒产量，并引起更严重的细胞病变效应(CPE)，表明其对人脑具有潜在的神经毒性。这些发现表明，ZIKV包膜上的单一突变D67N可能导致严重的神经损伤，这可能有助于解释ZIKV的神经毒性，并提示在自然感染期间监测这种突变的发生可能很重要。
克里米亚-刚果出血热病毒糖蛋白Gc的冷冻电镜结构
2022, 37(1): 127 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.015
收稿日期: 2021-10-25
录用日期: 2021-11-12
克里米亚-刚果出血热病毒(Crimean-Congo hemorrhagic fever virus, CCHFV)是一种引起人类严重出血性疾病的病原体，致死率高。CCHFV囊膜表面糖蛋白Gc在CCHFV入侵靶细胞过程中介导病毒与宿主膜融合，同时也是中和抗体的主要免疫靶标，因此其结构信息对于阐明病毒膜融合机制和研究中和抗体的中和机制至关重要，但到目前为止对CCHFV糖蛋白Gc的结构研究相对较少，尚无其胞外域蛋白结构的相关报道。
我们设计了Gc胞外域的三聚体蛋白，利用单颗粒分析技术解析了2.8 Å分辨率的Gc融合后结构，证实CCHFV糖蛋白Gc是II型膜融合蛋白。与布尼亚家族白纤病毒科和汉坦病毒科病毒已解析的Gc蛋白融合后结构进行结构、序列比较，发现CCHFV的Gc结构域III的排布方式与白纤病毒相似；但是其结构域II顶端的融合肽则与汉坦病毒的结构保守性较高。由于存在这种混合结构特征，我们推测在进化上CCHFV与这两种病毒均存在关联。Gc的结构解析，还帮助我们定位了Gc的抗原表位，因此提供了重要的结构信息以便分析各种抗体潜在的中和机制。
我们设计了Gc胞外域的三聚体蛋白，利用单颗粒分析技术解析了2.8 Å分辨率的Gc融合后结构，证实CCHFV糖蛋白Gc是II型膜融合蛋白。与布尼亚家族白纤病毒科和汉坦病毒科病毒已解析的Gc蛋白融合后结构进行结构、序列比较，发现CCHFV的Gc结构域III的排布方式与白纤病毒相似；但是其结构域II顶端的融合肽则与汉坦病毒的结构保守性较高。由于存在这种混合结构特征，我们推测在进化上CCHFV与这两种病毒均存在关联。Gc的结构解析，还帮助我们定位了Gc的抗原表位，因此提供了重要的结构信息以便分析各种抗体潜在的中和机制。
An integrated rapid nucleic acid detection assay based on recombinant polymerase amplification for SARS-CoV-2
2022, 37(1): 138 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.006
收稿日期: 2021-05-31
录用日期: 2021-09-30
Severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) is a novel coronavirus that causes the outbreak of coronavirus disease 2019 (COVID-19) (Li et al., 2020a). Viral nucleic acid testing is the standard method for the laboratory diagnosis of COVID-19 (Wu et al., 2020a; Zhu et al., 2020). Currently, a variety of qPCR-based detection kits are used for laboratory-based detection and confirmation of SARS-CoV-2 infection (Corman et al., 2020; Hussein et al., 2020; Ruhan et al., 2020; Veyer et al., 2020). Conventional qPCR involves virus inactivation, nucleic acid extraction, and qPCR amplification procedures. Therefore, the process is complicated, which usually takes longer than 2 h, and requires biosafety laboratories and professional staff. Thus, qPCR is not suitable for use in field or medical units. To reduce the operation steps, automatic integrated qPCR detection systems that combine nucleic acid extraction and qPCR amplification in a sealed cartridge were developed to detect viruses in clinical samples (Li et al., 2020b). However, the detection time is still longer than 1 h. Therefore, rapid nucleic acid detection systems are needed to further improve the detection efficiency.
新冠病毒不能利用鱼ACE2入侵细胞
2022, 37(1): 142 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.020
收稿日期: 2021-08-26
录用日期: 2022-01-12
最近在冷冻鱼中检测到新冠病毒的报道引起了人们对鱼类在新冠病毒传播中的潜在作用的担忧。 本研究调查了鱼类 ACE2 对新冠病毒的易感性。为了确定这一点，我们用新冠病毒感染了三种鱼细胞系（鲤鱼上皮细胞、草鱼肾脏细胞和蓝鳃太阳鱼细胞)。 此外，我们在 Hela 细胞中表达了五种鱼 ACE2（斑马鱼、罗非鱼、鲶鱼、鲑鱼和虹鳟鱼）并感染了新冠病毒。 通过免疫荧光测定 (IFA) 和定量逆转录聚合酶链反应 (qRT-PCR)，在鱼细胞系或 Hela 细胞表达的鱼 ACE2 中未检测到病毒抗原。综上所述，IFA 和 qRT-PCR 结果证实新冠病毒不能与鱼类 ACE2 结合以侵入宿主细胞。
替洛隆在体内外均对严重发热伴血小板减少综合征病毒具有显著抑制作用
2022, 37(1): 145 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.014
收稿日期: 2021-09-08
录用日期: 2021-11-25
严重发热伴血小板减少综合征病毒（SFTSV）是一种新型病原体，于2009年在我国首次分离得到。近年来，该病在东亚地区多次暴发，但尚无疫苗或药物获批用于治疗这一新型布尼亚病毒感染。本研究中，我们首先构建了一个基于细胞病变效应（cytopathological effect，CPE）的高通量药物筛选模型。在此基础上，发现已上市药物替洛隆（Tilorone）具有良好的抗SFTSV活性。经进一步验证，我们发现替洛隆在体外和体内均可以通过激活天然免疫反应抑制SFTSV感染，并对SFTSV感染表现出良好预防作用。
Epidemiological evidence of mosquito-borne viruses among persons and vectors in Iran: A study from North to South
2022, 37(1): 149 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.005
收稿日期: 2020-07-12
录用日期: 2021-08-09
Arthropod-borne viruses are a group of the most important emerging pathogens. They cause a range of diseases in vertebrate hosts and threaten human health (Gan and Leo, 2014). The global distribution of arboviruses is associated with the vector which is strongly affected by changes in environmental conditions. Dengue virus (DENV) and Chikungunya virus (CHIKV), which cause high annual infected cases and have an increasing geographic distribution, are transmitted by Aedes spp. mosquitoes, in particular Ae. albopictus and Ae. Aegypti (Presti et al., 2014; Higuera and Ramírez, 2018). Although, the main vector of dengue virus, Ae. aegypti, was not detected in Iran, other possible important vectors such as Ae. Albopictus and Ae. unilineatus were recorded (Doosti et al., 2016; Yaghoobi-Ershadi et al., 2017). West Nile virus (WNV), a member of the genus Flaviviruses, is one of the most widespread arboviruses (Chancey et al., 2015). The epidemiological evidence of WNV in different hosts in Iran was found (Bagheri et al., 2015), and the circulation of WNV in the main vector, Culex pipiens s.l. and Cx. pipiens, has been proved (Shahhosseini et al., 2017). Due to limited information on the situation of CHIKV, DENV and WNV in Iran, we performed a wide geographical investigation to determine the prevalence of IgG specific antibodies in human samples as well as the genome of WNV, CHIKV and DENV in mosquitoes.
Footprints of SARS-CoV-2 genome diversity in Pakistan, 2020–2021
2022, 37(1): 153 doi: 10.1016/j.virs.2022.01.009
收稿日期: 2021-10-25
录用日期: 2022-01-10
The rapid spread of SARS-CoV-2 has significantly impacted the worldwide health system. The SARS-CoV-2 currently bears a remarkably low genetic diversity even though it carries one of the largest RNA genomes among viruses (Rausch et al., 2020). However, the coronaviruses harbor the capability of undergoing recombination at a high rate which can lead to the emergence of novel viral derivatives (Rausch et al., 2020; Gribble et al., 2021). This in turn requires not only global surveillance of SARS-CoV-2 genome in various countries but also careful scrutiny in animal genomic reservoirs. Conventionally, RNA viruses evolve with a high mutation rate, however, the presence of ExoN ribonuclease in SARS-CoV-2 genome has made its case different from other viral species (Gribble et al., 2021). The variables of natural selection which potentially drift the SARS-CoV-2 evolutionary dynamics can be recorded by analyzing deposited sequence genomes for its fitness, transmissibility potential, and pathogenicity (Rouchka et al., 2020). This can potentially provide a way to draw a holistic picture at a national level, while simultaneously providing a comparative overview with worldwide sequences.
39卷第2期 (2024年4月)
ISSN 1674-0769
EISSN 1995-820X
CN 42-1760/Q
主编: 石正丽
影响因子: 5.5*
*源于2022年JCR
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