Like RNA viruses in general, coronaviruses (CoV) exhibit high mutation rates which, in combination with their strong tendency to recombine, enable them to overcome the host species barrier and adapt to new hosts. It is currently known that six CoV are able to infect pigs. Four of them belong to the genus Alphacoronavirus [transmissible gastroenteritis coronavirus (TEGV), porcine respiratory coronavirus (PRCV), porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), swine acute diarrhea syndrome coronavirus (SADS-CoV)], one of them to the genus Betacoronavirus [porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus (PHEV)] and the last one to the genus Deltacoronavirus (PDCoV). PHEV was one of the first identified swine CoV and is still widespread, causing subclinical infections in pigs in several countries. PRCV, a spike deletion mutant of TGEV associated with respiratory tract infection, appeared in the 1980s. PRCV is considered non-pathogenic since its infection course is mild or subclinical. Since its appearance, pig populations have become immune to both PRCV and TGEV, leading to a significant reduction in the clinical and economic importance of TGEV. TGEV, PEDV and PDCoV are enteropathogenic CoV and cause clinically indistinguishable acute gastroenteritis in all age groups of pigs. PDCoV and SADS-CoV have emerged in 2014 (US) and in 2017 (China), respectively. Rapid diagnosis is crucial for controlling CoV infections and preventing them from spreading. Since vaccines are available only for some porcine CoV, prevention should focus mainly on a high level of biosecurity. In view of the diversity of CoV and the potential risk factors associated with zoonotic emergence, updating the knowledge concerning this area is essential.

人类内源性逆转录病毒（HERVs）是由远古外源性逆转录病毒整合到人类基因组中而形成的，被认为是病毒“化石”。人类基因组中嵌入了相当数量的HERVs，它们见证了病毒和宿主漫长的进化历史。大多数HERVs在长期演化过程中失去了编码能力，但仍然发挥着介导宿主基因表达调控功能。本文综述了HERV激活在病毒感染以及疾病中扮演的角色，并强调了HERVs作为生物医学标志物在癌症等疾病早期诊断中的应用潜力，为HERVs的临床应用提供了新视角。

SARS-CoV-2感染引起的COVID-19严重威胁全球人民的健康。尽管很多患者已经临床康复，但是COVID-19康复者T细胞应答的长期变化鲜有报道。在本研究中，我们从武汉金银潭医院招募了患COVID-19且已经康复出院20-26周的志愿者(LCR)，以及与年龄和性别严格匹配的健康人群(HD) 以及患COVID-19且出院4-9周的志愿者(SCR)。采用流式细胞术(FCM)和酶联免疫斑点测定法(ELISpot) 分析三组人群之间外周血中T细胞应答的差异。表型分析表明：LCR队列中，活化分子PD-1在CD4⁺ T细胞上的表达水平仍然低于HD组，而增殖分子Ki-67在CD8⁺ T细胞内的表达水平仍高于HD组。功能分析表明：与HD组相比，LCR队列的T细胞具有较低的分泌IFN -γ的潜力，但是其分泌IL-2的潜力提高。此外，LCR队列中，循环的Tfh细胞的比例仍然略低于HD组，虽然其各种细胞亚类的比例已经恢复至HD组的水平。值得注意的是：在LCR队列中，SARS-CoV-2特异性的T细胞应答水平与SCR队列中无显著差异。以上结果表明在COVID-19康复者中，外周T细胞应答经历了长期的表型和功能潜力的改变。但是，SARS-CoV-2特异性的T细胞应答可以维持至少6个月，这可能有利于机体抵抗再次感染。

了解抗体在COVID-19恢复期患者中的持续存在，有助于解决当前的主要问题：如再次感染的风险、疫苗接种的保护期和建立积极群体免疫的可能性。这项回顾性队列研究纳入了172名在武汉住院的COVID-19患者。共获得404份血清样本，从住院到恢复期超过6个月。采用化学发光免疫分析法(CLIA)对标本中的抗体进行定量分析。所有患者在COVID-19症状出现时均为抗sars - cov -2 IgM/IgG阳性，大部分患者在恢复期持续抗体阳性。IgM抗体包括抗N蛋白IgM (N-IgM)和S蛋白受体结合域(RBD-IgM)在最初几周达到峰值，然后逐渐下降，约为25%，直到第27周。IgM、N-IgM和RBD-IgM的滴度到第27周分别下降至峰值的16.7%、17.6%和15.2%。而IgG、N-IgG和RBD-IgG的滴度在第4 ~ 5周达到峰值，观察结束时分别降至峰值的85.9%、62.6%和87.2%。研究抗体动态行为及其在年龄、性别和严重程度组间的相关性。总体而言，大多数恢复期患者的COVID-19抗体持续高水平超过6个月。只有少数患者的抗体降低到检测不到的水平，需要进一步关注。COVID-19患者抗SARS-CoV-2感染的体液免疫反应表现出典型的获得性免疫动态。

新冠病毒引起的COVID-19大流行给我们带来了前所未有的危机，对人类健康和生命造成巨大的威胁，给全球经济带来了灾难性的损失。截止目前全球新冠累计确诊患者数超过1.3亿，新冠感染导致的总死亡人数接近300万。因此开发有效的新冠疫苗迫在眉睫。本研究报道了中国科学院武汉病毒研究所、中国生物武汉生物制品研究所等单位联合研制的新冠灭活疫苗在小鼠和恒河猴上疫苗安全性、免疫原性和保护效果评价。结果显示该疫苗在小鼠和恒河猴体内均可诱导新冠特异性中和抗体产生。攻毒实验显示，疫苗高剂量组可对新冠病毒攻毒提供完全的保护，低剂量组亦可引起部分保护。小鼠被动免疫实验显示疫苗诱导的抗体可以对新冠病毒攻毒提供完全的保护。基于上述研究结果，为该疫苗进入临床研究打下坚实基础。

SARS-CoV-2已经导致了世界范围内的重大疫情，疫苗和抗病毒药物的研发是终结这场疫情的关键所在，全世界的科学家都在朝着这个目标努力。但是，SARS-CoV-2病毒的操作需要在生物安全三级实验室进行操作，使得相关实验相对复杂且耗时。因此，一个相对安全的实验体系以进行药物研发和评价迫切需要。本研究报道了利用反向遗传学的方法构建的非感染性SARS-CoV-2复制子体系，该复制子通过酵母转化相关的重组技术构建，以质粒为基础，带有绿色荧光蛋白和/或萤火虫荧光素酶的报告基因。复制子质粒转染细胞后即可检测到报告基因的表达。利用SARS-CoV-2复制子体系，我们验证了E-64D和瑞德西韦 (remdesivir) 对病毒复制的抑制作用，并计算了两种药物在该体系上的半最大有效浓度(half-maximal effective concentration, EC50)，说明SARS-CoV-2复制子体系是进行抗病毒药物评价的有效工具。

基因组测序在COVID-19大流行的初期便显示出强大的能力，如病原体鉴定和病毒的初步溯源。而SARS-CoV-2病毒基因组的快速获取受到低病毒核酸载量和复杂的核酸背景的限制。为了解决这一问题，我们对SARS-CoV-2特异性扩增子-牛津纳米孔测序方法进行了改进和评估。此工作流程开始于来自COVID-19病人的咽拭子样本，通过将逆转录PCR和多重扩增相结合进一步缩短了实验时间，可以在24小时内快速稳定地获得高质量的SARS-CoV-2基因组。对该方法，我们在42个样本上进行了综合评估：该方法的测序质量与样本的病毒载量相关；在Ct值高达39.14的样本仍可稳定获得高质量的SARS-CoV-2基因组；对不同Ct值样本的数据产出进行评估，针对Ct值小于20的样本，建议测序时间为8小时；变异分析表明，该方法能检测出已知和新出现的基因组突变位点；Illumina测序证实，超高深度测序可以大大提高纳米孔测序的单read误差率，使其低至0.4/10000 bp。综上所述，利用扩增子可以获得高质量的SARS-CoV-2基因组，它是加速获取SARS-CoV-2遗传资源和追踪基因组多样性的有效方法。

SARS-CoV-2属于高传染性及高致病性病原微生物，凡涉及与其相关的活病毒研究都严格限制在生物安全3级（BSL-3）实验室进行，而目前由于国内生物安全3级实验室资源有限，使用费用高昂，严重限制并影响了SARS-CoV-2的基础研究和抗病毒药物开发。在本研究中，我们通过构建SARS-CoV-2的反向遗传系统，将缺失S基因的SARS-CoV-2病毒的cDNA插入到细菌人工染色体（BAC）载体上，将该载体转染到细胞中可产生SARS-CoV-2的RNA复制子。此复制子保持了SARS-CoV-2基因组或亚基因组的复制能力，但因缺乏S蛋白，在细胞内不能包装产生子代病毒颗粒，故不具传染性，可用于普通生物实验室。在本研究中，我们证明了该复制子产生的亚基因组RNA与野生型病毒相似。另外通过在nsp12和nsp14引入突变使其失活，我们还发现了RNA聚合酶、核酸外切酶和N7甲基转移酶活性在基因组复制和sgRNA产生中起着重要作用。此外为了便于研究病毒的复制活性，我们还建立了一种携带荧光素酶报告基因的SARS-CoV-2复制子，并证明此复制子中报告基因的表达可以反映SARS-CoV-2抑制剂的活性。总之，我们构建了一套生物安全性好、使用方便的单质粒反向遗传系统，该系统将有利于SARS-CoV-2病毒的研究和药物的开发。

SARS-CoV-2作为一种呼吸道病毒，首先通过上呼吸道感染人体。已往研究表明，微生组可以调节机体对病原体感染的免疫应答。在本研究中，我们对11名COVID-19患者和11名有发热和咳嗽等类似症状的非COVID-19患者咽拭子进行了宏基因组测序。通过对上述两组和公共数据中的健康组进行宏基因组分析，共鉴定出6502个物种。Pielou指数表明，COVID-19组的微生物群均匀度低于非COVID-19组。结合线性判别分析(LDA)和广义线性模型分析，共鉴定出81种细菌在COVID-19组中丰度增加。其中51种细菌丰度增加超过8倍，它们大多数属于链球菌属、普氏菌属和弯曲杆菌属。更有趣的是，我们通过实验发现猪链球菌和无乳链球菌两种菌在体外均能刺激Vero细胞的ACE2表达，从而可能促进SARS-CoV-2感染。因此，这些富集于COVID-19患者咽部的病原体可能参与病毒与宿主的相互作用，影响SARS-CoV-2感染，并通过改变病毒受体ACE2的表达和/或调节宿主的免疫系统引起潜在的继发性细菌感染。

新型冠状病毒 ( SARS-CoV-2 )已产生多个对治疗性抗体耐药的突变株。本研究利用噬菌体展示技术，从新冠疫情暴发早期的恢复期病人外周血淋巴细胞中筛选出12株具有高亲和力的抗体。其中2株RBD蛋白结合抗体( F61和H121 )具有高亲和力的中和活性，3株S2蛋白结合抗体无中和活性。经结构分析，F61识别一个位于新冠S蛋白G446 - S494氨基酸位置的线性表位，与血管紧张素转换酶2 ( ACE2 )结合位点重叠； 而H121识别一个位于RBD侧面的构象表位，位于ACE2结合域之外。因此，这两种抗体配对使用的抗体鸡尾酒疗法对SARS-CoV-2具有更好的中和活性。重要的是，这2株抗体对B.1.1.7和B.1.351等新冠突变株也表现出较高中和活性。同时，这两株抗体可中和带有N501Y、E484K和L452R突变的新冠假病毒，表明这2株抗体也可能有效中和印度突变株B.1.617。F61和H121与多种带有单氨基酸突变的RBD蛋白结合活性不变，提示这两株抗体对新冠突变株具有广谱中和活性。我们的研究结果为SARS-CoV-2变异株抗体鸡尾酒疗法提供了理论基础，为SARS-CoV-2突变株感染者的临床治疗提供了候选广谱中和抗体。

过氧化还原酶6（PRDX6）是既具有过氧化酶活性，也具有磷脂酶A2（PLA2）活性的抗氧化酶。其广泛参与细胞内多种应答调控反应。但其在病毒感染过程中发挥的功能并不清楚。本研究发现口蹄疫病毒（FMDV）感染的细胞中PRDX6表达量显著下降。过表达PRDX6能够抑制FMDV的复制，而利用干扰RNA下调PRDX6的表达则能促进FMDV的复制，表明了PRDX6的抗病毒功能。为了查明PRDX6的过氧化酶活性和PLA2活性是否参与抗病毒功能，PRDX6过氧化酶活性的特异抑制剂mercaptosuccinate和PLA2活性特异抑制剂MJ33被用于处理FMDV感染的细胞，结果显示MJ33处理FMDV感染的细胞能够显著促进病毒的复制，这表明PRDX6的PLA2活性在发挥抑制FMDV复制过程中发挥重要作用。同时，研究发现过表达PRDX6可以轻度促进I型干扰素通路的应答。而通过过表达各类FMDV蛋白，鉴定出FMDV的3C蛋白酶能够抑制PRDX6的表达，进一步分析表明3C通过其蛋白水解酶活性降解PRDX6。本研究同时研究了PRDX6对另一种小RNA病毒猪塞内卡病毒（SVA）复制的影响，同样证实了PRDX6发挥的抗病毒功能，而且SVA的3C蛋白酶同样通过其蛋白水解酶活性降解PRDX6发挥拮抗作用。总而言之，我们的研究首次发现了PRDX6对猪小RNA病毒的抑制功能，鉴定了猪小RNA病毒3C蛋白水解酶降解PRDX6发挥的拮抗作用。

发热伴血小板减少综合征病毒(Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus，SFTSV)是一种新发的蜱传布尼亚病毒，感染可导致人出血热样疾病(SFTS)，病死率高达30%。迄今为止，SFTSV感染所涉及的分子生物学特性及机理尚不清楚。根据系统发育分析可将SFTSV菌株分为中国(C)系和日本(J)系两大类，包括7个基因型（C1—C4和J1—J3），目前已建立的SFTSV反向遗传学系统均是基于SFTSV C3株型，本研究成功建立了基于SFTSV C4株型的反向遗传学系统。首先，我们通过cDNA末端快速扩增（RACE）实验获得了实验室适应性SFTSV C4菌株L、M和S基因片段的5 ' -和3 ' -末端非翻译区(UTR)序列，并建立了基于T7聚合酶的L-UTR、M-UTR和S-UTR的微复制子系统。随后，通过构建病毒基因组全长cDNA克隆，共同转染细胞，从而获得具有感染性的SFTSV病毒粒子，并对拯救获得病毒与实验室适应株的感染性、生长动力学和病毒蛋白表达谱进行了对比性分析。虽然免疫噬斑实验结果显示拯救的SFTSV形成的噬斑大小和形态与实验室适应株没有明显区别，但是一步生长曲线和蛋白表达量分析结果表明拯救的病毒复制效率低于实验室适应的病毒；进一步序列比对分析提示这种差异可能是由于实验室适应菌株为了适应细胞上的培养而发生了序列突变而产生的。本研究有助于我们了解SFTS病毒的分子生物学特性，为SFTS病毒的疫苗和抗病毒药物的开发提供了有用的工具。

苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒(Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus, AcMNPV) orf13 (ac13)是α杆状病毒的一个保守基因，然而该基因在病毒生活史中的具体功能尚不清楚。本研究发现，ac13是病毒的一个晚期基因，其编码的蛋白含有一段核定位信号，且该蛋白与核纤层蛋白存在共定位现象。ac13基因缺失并不影响病毒基因组的复制，核衣壳的组装和包涵体（occlusion body, OB）的形成，但缺失ac13基因的缺陷型病毒相较于野生型病毒的病毒粒子出芽减少近400倍。ac13基因缺失会显著影响核衣壳从细胞核向细胞质中的释放，但并不影响OB的形成。所以，ac13是病毒出芽过程中核衣壳有效出核的必需基因，而并不是OB形成的必需基因。

人SAMHD1蛋白主要通过其自身的dNTP水解酶活性阻断慢病毒的逆转录过程，来抑制病毒感染。除了人类以外，猫和牛也能够被慢病毒感染，并且也能表达其各自的SAMHD1蛋白。但是，猫和牛的SAMHD1（fSAM和bSAM）在细胞中是如何分布的以及这种分布情况对于其各自抗病毒功能的影响尚未有人报道。在本研究中，我们发现野生型fSAM和bSAM均主要定位在细胞核中，而核定位信号（11KRPR14）缺失的fSAM和bSAM会重定位到细胞质中。细胞质中的fSAM和bSAM均保留了针对不同慢病毒的抗病毒功能，且细胞质中的fSAM与细胞质中的hSAM类似，比其野生型蛋白具有更高的抗SIV和HIV-2活性。进一步研究发现，细胞质中的hSAM和fSAM相比其野生型蛋白更不易被Vpx降解，而bSAM在细胞核和细胞质中的被降解程度相同，但它们均具有同样的体外dNTP水解酶活性和与Vpx的结合能力，这表明细胞质中的hSAM和fSAM由于具有更好的抗Vpx降解能力而可以抑制更多的SIV和HIV-2。这些结果表明fSAM和bSAM介导的抗病毒作用并不需要其定位在细胞核中，fSAM在多个方面均与hSAM具有更高的相似性，因此，猫可能更适用于作为动物模型来开展对SAMHD1体内生物学功能的研究。本研究将为建立更理想的SAMHD1体内研究动物模型提供数据支持。

近年来，由猪流行性腹泻病毒（PEDV）变异毒株引起的猪流行性腹泻（PED）在世界范围内广泛流行，给养猪业造成了巨大的经济损失，寻找治疗PED的有效药物具有重要意义。作用于病毒聚合酶的核苷类似物是最主要的一类抗病毒药物，该类药物用于人类病毒感染性疾病的治疗已有近五十年的历史。本研究中，我们评价了核苷类似物瑞德西韦（RDV）、瑞德西韦核苷（RDV-N）和β-D-N⁴-羟胞苷（NHC）的体外抗PEDV活性。结果显示，在Vero E6细胞中，RDV-N的抗病毒活性最强，其EC₅₀为0.31 μmol/L，优于RDV（EC₅₀=0.74 μmol/L）和NHC（EC₅₀=1.17 μmol/L）。并且，该化合物在体内外显示出较好的安全性。PEDV与其它五种猪冠状病毒的RNA依赖的RNA聚合酶序列的高度相似性表明，这三个化合物可能具有广谱的抗猪冠状病毒作用。总体来说，RDV-N是一个具有良好开发前景的广谱抗病毒核苷，鉴于其口服生物利用度较低，对RDV-N的结构修饰可能会发现药代性质更好的衍生物。

In multiple sclerosis (MS), human endogenous retrovirus W family (HERV-W) envelope protein, pHERV-W ENV, limits remyelination and induces microglia-mediated neurodegeneration. To better understand its role, we examined the soluble pHERV-W antigen from MS brain lesions detected by specific antibodies. Physico-chemical and antigenic characteristics confirmed differences between pHERV-W ENV and syncytin-1. pHERV-W ENV monomers and trimers remained associated with membranes, while hexamers self-assembled from monomers into a soluble macrostructure involving sulfatides in MS brain. Extracellular hexamers are stabilized by internal hydrophobic bonds and external hydrophilic moieties. HERV-W studies in MS also suggest that this diffusible antigen may correspond to a previously described high-molecular-weight neurotoxic factor secreted by MS B-cells and thus represents a major agonist in MS pathogenesis. Adapted methods are now needed to identify encoding HERV provirus(es) in affected cells DNA. The properties and origin of MS brain pHERV-W ENV soluble antigen will allow a better understanding of the role of HERVs in MS pathogenesis. The present results anyhow pave the way to an accurate detection of the different forms of pHERV-W ENV antigen with appropriate conditions that remained unseen until now.

宿主干扰素刺激基因20（ISG20）通过降解病毒RNA或增强IFN信号，对病毒产生抗病毒作用。在本研究中，我们探究了ISG20在伪狂犬病病毒（PRV）增殖过程中的作用。我们发现ISG20通过增强IFN信号传导来调节PRV复制。PRV感染或poly（I：C）处理细胞后，ISG20表达上调。 ISG20的过表达可以抑制PK15细胞中PRV的增殖，而ISG20的敲低则促进PRV的增殖。另外，在PRV感染过程中，ISG20的表达上调了IFN-β的表达，并增强了IFN的下游信号。值得注意的是，PRV UL24可以抑制ISG20的转录，从而拮抗了其抗病毒作用。进一步截短分析表明，UL24的N末端（氨基酸1-90）发挥抑制ISG20转录的作用。总的来说，这些发现证明了ISG20在抑制PRV增殖中的作用以及增加了宿主和PRV相互作用的认识。

烟芽夜蛾囊泡病毒3h株（Heliothis virescens ascovirus 3h, HvAV-3h）编码的3h-31基因是囊泡病毒的保守基因之一。3h-31是一个早期表达基因，且其编码的蛋白为HvAV-3h病毒粒子的非结构蛋白。在HvAV-3h感染的甜菜夜蛾脂肪体细胞系（Spodoptera exigua fat body cells, SeFB）中，3h-31的转录起始于3小时。为了明确3h-31的功能，该基因被插入到苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒（Autographa californica nucleopolyhedrovirus，AcMNPV）中，构建了一种重组病毒AcMNPV-31。体外的活性实验结果表明，AcMNPV-31感染SeFB细胞后，出芽病毒的产量以及病毒DNA的复制相较野生型病毒（AcMNPV-wt）有明显的降低。透射电镜检测结果显示，AcMNPV-31感染的SeFB细胞中，病毒发生基质的周围出现了很多透明的管状结构。生物活性测定结果表明，AcMNPV-31对3龄甜菜夜蛾幼虫的LD₅₀和LD₉₀值均显著高于野生型的LD₅₀和LD₉₀值。更有趣的现象是我们发现AcMNPV-31感染致死的试虫虫尸液化现象明显减弱和推迟。进一步的检测结果表明，AcMNPV-31感染的试虫其体内的几丁质酶活性和组织蛋白酶活性相较AcMNPV-wt感染的试虫明显降低。这种3H-31和几丁质酶活性以及组织蛋白酶活性之间可能存在的调控在HvAV-3h感染的甜菜夜蛾幼虫和棉铃虫幼虫中被进一步验证——对HvAV-3h感染的甜菜夜蛾幼虫和棉铃虫幼虫进行3h-31基因的RNAi后组织蛋白酶活性明显上调。这些结果表明，3H-31与抑制宿主幼虫的几丁质酶和组织蛋白酶活性相关，而囊泡病毒也可以通过3H-31对宿主幼虫的几丁质酶和组织蛋白酶活性的抑制作用抑制宿主幼虫的蜕皮，使宿主幼虫保持在幼虫阶段。

2010年高毒力猪流行性腹泻病毒（PEDV）变异株在中国再现和流行，给世界养猪业造成巨大的经济损失。为了解PEDV在体外传代过程中的遗传变异趋势，本研究将PEDV G2亚群FJzz1株在Vero细胞连续传至200代。结果发现FJzz1在传代过程中易感性和适应性逐渐增强，高低代次毒株之间的氨基酸突变主要集中在S糖蛋白，占所有氨基酸突变总数的72.22%-85.71%，并在S1蛋白亚基的N端域（S1-NTD）出现了一个连续氨基酸的缺失（⁵⁵I⁵⁶G⁵⁷E→⁵⁵K⁵⁶Δ⁵⁷Δ）。选取高代次F20和低代次F200毒株对仔猪进行致病性评价以分析这些氨基酸突变对致病性的影响，结果显示，高代次F20毒株感染24 h后，所有仔猪均表现腹泻等典型临床症状，感染48 h后发病仔猪陆续死亡；而低代次F200感染组仔猪腹泻症状轻微，发病猪未有死亡。与F20感染组相比，F200感染组仔猪的粪便排毒量和肠组织中的病毒载量显著降低，对肠道组织未造成明显的病理损伤，同时F200感染组在肠组织中可诱导高水平的I型和III型干扰素及TNF-α，IL-1β和IL-8等细胞因子的产生。研究表明，这些突变的氨基酸可能与FJzz1毒力减弱相关，且高代次毒株具有研发PEDV弱毒疫苗的潜力。

SARS-CoV-2已成为威胁人类健康和安全的全球性流行病。随着新型突变株的不断出现，寻找有效的治疗药物和靶点迫在眉睫。我们需要全面了解SARS-CoV-2在宿主细胞中的分子基础和发病机制。非结构蛋白2 (nsp2) 结构和功能的未知，阻碍了人们对其在SARS-CoV-2感染中的作用的理解。本文报道了SARS-CoV-2 nsp2的N端晶体结构，其分辨率达到1.96 Å。该结构包含三种锌指结构，分别属于C2H2、C4和C2HC类型。结构分析表明，nsp2可能参与结合核酸和调控细胞内信号通路。与单链或双链核酸的结合主要通过nsp2表面较大的正电荷区域，其中K111、K112、K113为关键的残基。我们的研究结果为更好地理解nsp2的结构与功能的关系奠定了基础。这有助于人们充分利用nsp2进行进一步的抗病毒靶点的研究和药物设计。

新型冠状病毒（SARS-CoV-2）感染已导致全球380多万人死亡。目前，有多种新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫苗获批准紧急使用，包括腺病毒载体疫苗，其热不稳定性和预存免疫反应较大程度上限制了疫苗免疫效果。为了解决这些问题，本论文利用磷酸钙盐（CaP）在一定条件下生物矿化携带SARS-CoV-2刺突蛋白（Spike, S）的重组新型腺病毒载体COVID-19疫苗Sad23L-nCoV-S，获得了一种生物矿化的Sad23L-nCoV-S-CaP疫苗。这种生物矿化的疫苗具有良好的热稳定性、免疫原性和规避预存针对腺病毒载体免疫反应的特点。Sad23L-nCoV-S-CaP疫苗在4℃保存45天、常温（26℃）保存8天和37℃保存2天均维持高水平的感染性滴度。此外，Sad23L-nCoV-S-CaP加强免疫小鼠，能够诱导产生高水平的S抗原特异性体液和细胞免疫反应，其免疫效果不会被预存的腺病毒载体Sad23L的高水平免疫反应削弱。因此，Sad23L-nCoV-S-CaP可以作为在Sad23L-nCoV-S疫苗初次免疫之后，进行加强免疫的候选疫苗。以这种免疫策略，Sad23L-nCoV-S初次免疫小鼠，4周之后，Sad23L-nCoV-S-CaP加强免疫，诱导产生了10^5.01的S1蛋白和10^4.77的S2蛋白特异性结合抗体水平，以及10^3.04中和抗体水平。此外，生物矿化疫苗诱导产生高水平特异性分泌干扰素-γ的T细胞反应为1466.16 spot forming cells (SFCs)/10⁶ cells。因此，这种生物矿化的Sad23L-nCoV-S-CaP疫苗可以明显提高疫苗免疫效果，适合“初次+加强”的疫苗接种方案用于免疫预防SARS-CoV-2感染。

我国从2017年秋季开始，对全国家禽实施H7N9强制性免疫防控措施，疫苗接种控制了H7N9疫情的暴发。为了解并掌握中国家禽群中H7N9亚型流感病毒的流行规律，基因序列变化及致病性情况，本研究对2017～2019年我国部分地区活禽交易市场及家禽养殖场样品进行病毒分离鉴定。我们在成功分离的85个H7N9亚型流感毒株中挑选了20株进行全基因组序列分析与抗原性研究。HA基因分析显示有4株分离株HA蛋白裂解位点为PEIPKGR↓GLF模式，是低致病性禽流感分子特征，其余16株为PEVPKGKRTAR↓GLF、PEVPKRKRTAR↓GLF两种模式，有连续的碱性氨基酸发生插入性突变，具有高致病性禽流感分子特征。关键氨基酸位点分析结果显示：在20株分离株中，有3株HA蛋白发生G186V（A）、Q226L双位点突变；2株NA蛋白发生R292K突变；6株PB2蛋白发生A588V突变，所有分离株E627、D701位点保持禽源特征；M2蛋白均发生S31N突变。20株分离株全基因组遗传演化分析结果显示，HA、NA基因可分为长三角分支和珠三角分支。2株毒株（E112、E128）的HA、NA基因分布在珠三角分支，2株毒株（E65、E656）的HA基因分布在长三角分支，NA基因分布在珠三角分支，其余16株HA、NA基因分布在长三角分支。6个内部基因遗传进化树显示有少数毒株的内部基因片段与人源H7N9亚型流感病毒和禽源H9N2亚型禽流感病毒遗传关系较近。此外，2019年分离株的HA、NA基因新增了1个潜在糖基化位点，2018～2019年毒株的HA基因进化速率、编码密码子的第一位核苷酸与第二位核苷酸的突变率比第五波疫情毒株有所增大。结合H7N9亚型禽流感疫苗株标准抗原和标准阳性血清（Re-1、Re-2），体外血凝抑制试验结果显示Re-1对2017年的分离株具有较高的血凝抑制效价（5 log2～9log2），对2018～2019年分离株的血凝抑制效价逐年降低（3log2～5log2）。Re-2对2017～2019年的分离株具有较高的血凝抑制效价（6log2～9 log2）。综上，H7N9亚型流感病毒的进化在疫苗接种压力下发生了加速。

Although antiretroviral treatment lowers the burden of human immunodeficiency virus (HIV)-related disease, it does not always result in immunological recovery. This manifests as persistent chronic inflammation, immune activation or exhaustion that can promote the onset of co-morbidities. As the exact function of regulatory T (Treg) cells in HIV remains unclear, this cross-sectional study investigated three expression markers (Forkhead box protein P3 [FOXP3], glycoprotein A repetitions predominant [GARP], special AT-rich sequence binding protein 1 [SATB1]) and compared their expansion between CD4⁺CD25^- and CD4⁺CD25⁺⁺ T cells. Age-matched study subjects were recruited (Western Cape, South Africa) and sub-divided: HIV-negative subjects (n = 12), HIV-positive naïve treated (n = 22), HIV-positive treated based on CD4 count cells/μL (CD4 > 500 and CD4 < 500) (n = 34) and HIV-treated based on viral load (VL) copies/mL (VL < 1000 and VL > 1000) (n = 34). Markers of immune activation (CD38) and coagulation (CD142) on T cells (CD8) were assessed by flow cytometry together with FOXP3, GARP and SATB1 expression on CD4⁺CD25^- and CD4⁺CD25⁺⁺ T cells. Plasma levels of interleukin-10 (IL-10; anti-inflammatory marker), IL-6 (inflammatory marker) and D-dimer (coagulation marker) were assessed. This study revealed three major findings in immuno-compromised patients with virological failure (CD4 < 500; VL > 1000): (1) the expansion of the unconventional Treg cell subset (CD4⁺CD25^-FOXP3⁺) is linked with disease progression markers; (2) increased GARP expression in the CD4⁺CD25^- and CD4⁺CD25⁺⁺ subsets; and (3) the identification of a strong link between CD4⁺CD25^-SATB1⁺ cells and markers of immune activation (CD8⁺CD38⁺) and coagulation (CD8⁺CD142⁺ and D-dimer).

流感是人类主要的呼吸道疾病之一。澳门是一个人口密度高，人口流动特殊的旅游城市。探究澳门流感的流行病学特征，应为世界范围内的旅游城市（例如澳门）的流感预防工作带来重要价值。在这项研究中，我们收集了2010年至2018年澳门地区共104,874例类似流感（ILI）病例。卡方检验和二元多变量Logistic回归用于研究澳门甲型和乙型流感的流行病学特征。在这些ILI样本中，甲型流感的总体阳性率为17.17％，乙型流感的总体阳性率为6.97％。存在特殊的三年（即2012年，2017年和2018年），这三年澳门流感流行特征与其余年份（即正常年份）存在较大的差异。在正常年份，甲型流感全年发生，而乙型流感则是季节性的。我们的研究表明，正常年份不同年龄组之间在流感感染方面存在显着差异。有趣的是，我们的分析显示，在正常年份中，当地人和游客在感染甲型和乙型流感方面没有显着差异。但是在2017年7月，游客中甲型流感的阳性率和危险比明显高于当地人；在2012年1月至2月和2018年1月至2月，游客中乙型流感的阳性率和危险比明显高于的当地人。这可能归因于澳门为居民提供的免费疫苗接种政策。这些发现对澳门乃至全世界的流感研究和流感预防工作都是有价值的。

流感是由流感病毒引起的急性呼吸道疾病，由于其高发病率和高死亡率的特点，已经给人类健康造成了巨大威胁。流感病毒的复制依赖宿主细胞，宿主细胞也进化出多种防御机制来抵抗病毒的入侵。PML蛋白是早幼粒细胞白血病蛋白核体（PML- NBs）的主要成分，能抑制包括甲型流感病毒（IAV）在内的多种病毒的复制，然而PML抑制IAV的作用机制尚不清楚。在本研究中，我们发现IAV感染可诱导PML表达，PML蛋白高表达可抑制IAV复制。进一步研究表明，PML通过抑制FBXW7的k48位泛素化而增加其表达，并增强FBXW7与SHP2的相互作用，从而在感染过程中负调控IAV复制。此外，PML稳定RIG-I，促进I型IFN的产生。综上所述，PML通过增强FBXW7表达抑制IAV复制，揭示了部分PML抗流感病毒作用机制，也为探索抗流感病毒药物提供了新的思路。

RNA病毒在人群中不断流行暴发凸显了急需开发广谱抗RNA病毒药物的必要性。多胺（腐胺、亚精胺和精胺）是宿主细胞内一种带正电荷的代谢产物，它在多种RNA病毒的复制中发挥重要作用，因此可以作为广谱抗RNA病毒药物的潜在靶标。大环分子是近年来超分子化学领域的研究热点，由于其自身具有的空腔结构可以通过非共价结合的方式将多种小分子包裹在内形成“主客体复合物”，在生物医学领域具有广泛的应用前景。葫芦脲是继杯芳烃、冠醚、环糊精后新一代的大环分子，根据基本组成单元甘脲数量n的不同，可以具体命名为葫芦[n]脲。葫芦[7]脲（CB[7]）由于空腔大小合适、具有优良的水溶性且毒性较低，在药物递送领域和制剂学领域被广泛研究应用。CB[7]与多种药物在水中形成的复合物能够增强药物的稳定性，减低药物的毒副作用。研究表明，CB[7]在体外与多胺分子具有极强的结合力。本研究发现CB[7]具有广谱抗RNA病毒活性，CB[7]在不同细胞系中具有抑制肠道病毒（EV-A71、CV-A16、CVB3、Echo11）、黄病毒（DENV2、ZIKV）以及甲病毒（SFV）复制的功能。CB[7]在细胞内螯合精胺分子从而降低细胞内精胺水平发挥抗病毒功能。外源添加精胺导致CB[7]失去抗病毒活性，因此CB[7]的抗病毒活性依赖精胺通路。

本研究团队于2018年在山西省武乡县自然界采集的白蛉标本中首次分离到武乡病毒，这不仅是白蛉病毒属中的新病毒，也是我国首次从自然界采集的白蛉标本分离到病毒，本文报道从山西省阳泉县自然界采集的白蛉标本再次分离到武乡病毒，同时在当地人类和动物（家养鸡）血清中存在武乡病毒中和抗体阳性。以上结果提示，武乡病毒在我国自然界具有较广泛的地域分布，鉴于在健康人和家养动物存在武乡病毒中和抗体阳性，因此加强武乡病毒在人畜动物感染状况调查研究具有重要的公共卫生意义。

P[3]型轮状病毒在许多物种中都有发现，包括人、猴、狗和蝙蝠等。关于轮状病毒的受体已有很多研究，据报导多种聚糖可以作为轮状病毒进入宿主细胞的粘附分子，包括唾液酸、组织血型抗原（HBGAs）。本研究对不同物种P[3]型轮状病毒VP8*s的多糖结合特性进行探索。研究发现人HCR3A和狗P[3]型轮状病毒VP8*结合唾液酸以及末端带有唾液酸的聚糖。，同时，人和狗P[3]型轮状病毒VP8*还可以凝集不同物种红细胞，而蝙蝠P[3]型轮状病毒VP8*既不与聚糖结合，也不发生血凝。进一步研究显示蝙蝠P[3]型轮状病毒P[3] VP8* C189Y突变体可以凝集红细胞，而人P[3] HCR3A/M2-102 Y189C突变体则不再凝集红细胞。序列比对和结构分析表明，VP8*蛋白189位氨基酸在轮状病毒VP8*配体识别中起着重要作用，氨基酸的改变可能促进轮状病毒跨物种传播。结构比对显示蝙蝠P[3]型 VP8*的模拟结构与RRV 猴P[3]型VP8*有很大差异，尤其糖结合位点区域构象也呈现不同特征，表明蝙蝠P[3]型轮状病毒相对与其他P[3]型轮状病毒是不同的明显不同，一定程度上解释了蝙蝠P[3]轮状病毒VP8*不结合唾液酸多糖。这些研究促进了我们对P[3]型轮状病毒VP8*与多糖相互作用以及蝙蝠和人P[3]轮状病毒传播的认识，为探索轮状病毒的感染和流行提供了更多的信息。

胆固醇-25-羟化酶（CH25H）及其酶促产物25-羟基胆固醇（25HC）已被报道具有广谱抗病毒活性，可有效抑制新冠、寨卡、埃博拉等多种病毒的感染。然而，它们在非人灵长类动物模型中的抗病毒治疗效果研究却十分缺乏。在这项工作中，我们报道了25HC联合抗逆转录病毒疗法（ART）的策略在SIV_mac239慢性感染猕猴中的免疫调控作用和抗病毒治疗效果。结果发现与单独ART相比，该策略可更高效地控制SIV_mac239的复制，增强SIV特异性免疫应答水平，恢复CD4+T细胞/CD8+T细胞的比例，减轻CD4+T细胞的过度活化，抑制炎症因子的分泌。此外，我们利用猕猴模型中进一步评估了25HC的体内安全性和初步药代动力学，为深入研究其成药性提供了数据支持。总之，本项工作有助于深入理解25HC的抗病毒活性与胆固醇代谢和免疫调节之间的复杂关系，为开发抗艾滋病毒感染和其他相关疾病的新型治疗药物提供参考。

塞内卡谷病毒（Seneca Valley Virus, SVV）是一种新兴的无包膜单链RNA病毒，属于小RNA病毒科塞内卡病毒属，SVV因其对猪的致病性和溶瘤特性而获得了广泛关注。胆固醇-25-羟化酶（CH25H）是与内质网相关的一种膜蛋白，受干扰素调节，是一种干扰素刺激因子。同时CH25H通过催化作用向胆固醇的第25个碳原子添加第二个羟基来催化胆固醇，进而生成25-羟基胆固醇（25HC）。最近的研究表明，CH25H和25HC均可抑制多种病毒的复制。本文通过在HEK-293T和BHK-21细胞系中过表达和沉默CH25H后感染SVV，从蛋白水平、mRNA水平和病毒滴度水平上验证发现，沉默CH25H促进SVV的增殖，相反地，过表达CH25H抑制SVV的增殖。进一步探究发现，CH25H抑制SVV的增殖通过依赖其酶活途径，缺乏酶活性的CH25H突变体对SVV的增殖无抑制效果，而CH25H发挥酶的催化作用产生的25HC对SVV的增殖有极显著的抑制效果，接下来我们发现25HC阻断SVV病毒粒子吸附进而抑制SVV的增殖。此项研究丰富了我们在SVV与宿主相互作用方面的认知，为研究SVV复制的分子机制提供相关理论基础，为基于宿主相关因子研发抗SVV药物提供科学依据。

甲型流感（H1N1）pdm09病毒于2009年出现，并在人类中持续传播了十多年。我们分析了一例2019年（H1N1）pdm09感染患者病例。此病例住院两个月（从2019年12月14日至2020年2月15日），将此分离株命名为A/Guangdong/LCF/2019（LCF/19）。与早期分离株相比，此pdm09病毒的遗传序列在血凝素HA表位Sb的186-192位（按H3编号）处包含四个突变位点，分别为S186P，T188I，D190A和Q192E。进化分析表明，抗原表位Sb在2018年开始发生快速改变。为研究此突变区域引起的致病性变化，我们拯救了一系列包含LCF/2019 HA片段或具有四个突变位点的嵌合HA片段的重组病毒。病毒动力生长曲线数据显示，含有LCF/2019的PTIAAQE序列的重组病毒的病毒传播速度快于抗原表位Sb中具有STTADQQ的重组病毒。血凝抑制实验表明，逃逸突变株与2018年感染pdm09的病人血清的结合活性弱于GLW/2018，这表明旧疫苗可能无法有效地保护人们免受感染。从2019年7月出现的逃生突变分离株的数量，在全球范围内正在广泛增加。由于南北半球疫苗株选择存在差异，如果感染了这种抗原性漂移性pdm09病毒，则在南半球接种疫苗的人仍可能遭受严重感染。

新型冠状病毒引发的肺炎疫情已经在许多国家爆发流行。在国内，尽管人传人感染途径已经被基本控制，我们仍然需要注意病毒由物传人。合适的消毒剂对于环境的消杀显得十分重要。本研究中，我们发现臭氧水能够有效地杀灭SARS-CoV-2，18mg/L浓度的臭氧水与病毒作用1min后，未能检测到病毒的基因组RNA和噬斑的形成。相比于传统的消毒剂，臭氧水具有经济实惠、简单有效且对环境无污染等优点。

新冠肺炎疫情 (COVID-19)的大流行对全球公共卫生和经济构成了严重威胁，目前严重急性呼吸系统综合征冠状病毒(SARS-CoV-2)的直接起源问题尚未解决。虽然通过实施严格的检疫策略，中国的新冠肺炎疫情得到了有效的控制，但由于输入病例的的压力，零星散发疫情仍时有发生。随后，中国疾病预防控制中心在国内多个城市的10余份进口冻虾、鸡肉制品中均检测出新型冠状病毒核酸阳性。此外，葡萄牙、加纳、英国和澳大利亚的屠宰场和肉类加工厂也报道了相关的疫情。本研究旨在模拟冷链运输环境下，研究SARS-CoV-2在不同肉类表面的稳定性，为控制新冠病毒的传播提供科学依据。我们选取了猪肉、牛肉和三文鱼肉，模拟4度和零下20度，测试了2个浓度（高1×104 TCID50/mL和低1×103 TCID50/mL）的SARS-CoV-2在不同肉类样品表面的的稳定性。结果表明在不同肉类样品表面清洗液体中可以检测到病毒RNA，在0至4℃储存条件下，测试至第9天（dpi）仍然可以从洗液中分离到活病毒，在-18至-22℃的条件下，冷冻肉类样品洗液在第20天时仍可以分离到活病毒。 因此，对冷冻肉以及包装表面进行适当消毒，并在冷链中监测工作人员的健康，对于控制零星疫情至关重要。

新型冠状疫情（COVID-19）肆虐全球，截止到目前为止，已导致1亿人感染，对人类社会造成了不可估量的损失。了解其病原新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的基本特性，如其宿主和组织嗜性、复制效率及基因组的稳定性等，为疫情的防控提供研究基础。本研究共测试了30种来自不同宿主的细胞系对SARS-CoV-2的易感性，其中9种细胞系易感，包括六种人来源（肺、肝、结肠、喉和皮肤），两种非人灵长类来源（肾），以及一种猪来源（睾丸）的细胞系。感染不同的细胞系，病毒在Vero E6细胞系中扩增效率最高。病毒在易感细胞（Vero E6、Caco-2和Huh7）中进行连续传代过程中，其在Vero E6和Caco-2细胞中可观察到病毒 spike糖蛋白会发生突变，而在Huh7细胞中未观察到突变。这些发现对疫苗开发和致病机制研究具有重要意义。

席卷全球的新型冠状病毒疫情最初暴发于武汉。由于新冠病毒的消化道排毒已经病例粪便的病毒培养证实，应当考虑病毒在疫情暴发期通过受污染的废水和排泄物传播的可能性。本研究中，我们在武汉疫情期间从新冠定点医院、方舱医院、隔离点和污水处理厂收集了污水标本，并使用RT-PCR和微滴数字PCR方法检测其中的新冠病毒核酸。虽然经消毒处理的医疗废水中保持有较高余氯浓度，但我们仍然检出了低浓度的新冠病毒RNA。这些初步数据首次报告了疫情暴发期间中国城市医疗废水中新冠病毒核酸的存在情况，并提示对医疗废水及时进行有效消毒及消毒效果监测的重要性。

SARS-CoV-2引起的COVID-19已对全球公共卫生和经济发展构成了重大威胁，因此，亟需快速研发有效的预防和治疗手段。卵黄抗体（IgY）易于大规模生产，已被用来预防或治疗呼吸道病毒的感染。因此，我们认为IgY抗体有可能成为预防或治疗COVID-19的有效手段。因此， 我们用灭活的SARS-CoV-2 病毒免疫母鸡，从蛋黄中分离出抗SARS-CoV-2 的IgY抗体（anti-SARS-CoV-2 IgY）。通过体外实验证实，anti-SARS-CoV-2 IgY可以抑制SARS-CoV-2活病毒和假病毒的感染，以及抑制SARS-CoV-2 S蛋白介导的细胞-细胞融合活性。具体而言，anti-SARS-CoV-2 IgY抗体与SARS-CoV-2 S蛋白中S1亚基的RBD区域结合，有效阻断了RBD与人细胞表面的ACE2受体结合。体内成像显示，基于给药途径（口腔喷雾或滴鼻）的不同，抗SARS-CoV-2 IgY抗体可以在上呼吸道保留数小时。综上所述，anti-SARS-CoV-2 IgY抗体满足人类使用的安全要求，并且生产成本低，有望成为免疫预防剂或治疗剂通过口腔或鼻腔喷雾给药方式预防或治疗COVID-19。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）是一种新型的冠状病毒性肺炎病原体，已引起世界范围的流行，严重威胁人类健康、社会和经济发展。本研究基于RT-ERA扩增及CRISPR/Cas12a技术，开发了一种快速、超灵敏、便携的SARS-CoV-2检测系统。该体系的检测限为每反应7.5拷贝的SARS-CoV-2 N基因和15拷贝的ORF1ab基因，检测过程可在40分钟内完成。与人工合成的SARS、MERS基因片段及多种RNA病毒无交叉反应，对25份临床标本进行检测，结果发现其与qRT-PCR检测结果符合率为100%。另外，我们将CRISPR/Cas12a系统与免疫层析试纸条相结合，其仍具有良好的敏感性，从而进一步简化了对现场检测仪器的要求。综上所述，基于CRISPR/Cas12a的SARS-CoV-2检测系统为SARS-CoV-2的现场检测提供了有力的工具，且有助于预防和控制SARS-CoV-2的爆发。

2019冠状病毒病（COVID-19）患者体内严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）RNA和抗体水平是否与临床分型相关，该问题需要深入研究。本研究分析了青岛地区53例不同临床分型患者（无症状、轻型、普通型、重症）187份标本中SARS-CoV-2 RNA及抗体水平。结果显示，处于发病第1周的COVID-19患者鼻咽拭子和痰标本中SARS-CoV-2 RNA含量处于峰值状态，处于发病第2周的患者SARS-CoV-2 RNA含量显著下降。不同临床分型患者样本平均病毒载量没有差异，但轻型和普通型COVID-19患者，鼻咽拭子阳性率和病毒载量要高于粪便样本。此外，COVID-19患者血清阳转（IgG和NAb）发生子在第2周，整个病程中IgM的平均滴度均较低。此外，在COVID-19患者配对样本的检测结果表明，RNA和Ab表现出不同的变化趋势。综上所述，呼吸道是SARS-CoV-2排毒的主要途径，SARS-CoV-2 RNA 和抗体水平与临床表现无关。

多项研究表明，白细胞介素-6 (IL-6)水平与COVID-19进展密切相关。然而，目前尚缺乏大样本量的分析，且对COVID-19患者IL-6浓度动态变化的研究较少。本回顾性研究共纳入1453例COVID-19患者，评估COVID-19患者IL-6浓度。统计结果显示，13.4%的轻症患者、27.1%的重症患者、86.2%的危重患者IL-6水平升高，提示IL-6与疾病严重程度相关。值得注意的是，我们以184例COVID-19患者为研究对象，探讨了IL-6浓度动态变化与COVID-19严重程度和临床结局的关联。总的来说，与治愈患者相比，死亡患者的IL-6水平相当高。这些发现提示IL-6浓度的变化可能是预测COVID-19预后的良好指标，我们建议在整个病程中监测IL-6的动态变化。

近期由新型冠状病毒（SARS-CoV-2）引起的新冠状病毒肺炎疫情（coronavirus disease 2019，COVID-19）全球大流行造成了严重公共卫生问题。2020年，天津市共经历了2波本土新冠肺炎疫情，境外输入新冠肺炎确诊病例和无症状感染者数量持续增加。为更加深入了解天津市境外输入新冠肺炎患者病毒基因组特征，本研究完成了94个上呼吸道样本和1份采自进口冷链物品外包装样本的新冠病毒基因序列测定。本研究共获得了56条新冠病毒全基因序列，根据进化分析结果可划分为20个进化分支，共鉴定了309个核苷酸突变点和32个S蛋白氨基酸突变点。其中有51条序列属于L基因型/B分支并具有S蛋白D614G突变点。序列TJ_B449_2被鉴定为属于B.1.1.7进化分支，即501Y.V1变异株，并具有另外6个特有的核苷酸突变点。有3条序列属于S基因型/A进化分支，可被进一步划分为单独的亚分支，命名为A_501Y分支，该3条序列均具有S蛋白N501Y突变点和L452R突变点。新冠肺炎疫情境外输入风险持续存在，持续开展新冠病毒基因突变监测对于更加深入了解病毒基因变异、进化特征和疫情防控具有重要作用。

SARS-CoV-2突变株的出现加剧了COVID-19大流行。其中，突变株B.1.351已被证明具有免疫逃逸能力，且RBD中的氨基酸突变增强了S蛋白对人ACE2的亲和力，这引起了人们对疫苗效力及其对人感染性增加的担忧。在这项研究中，我们系统地研究了突变株B.1.351对hACE2小鼠的感染性及致病作用。结果表明，突变株B.1.351可以在呼吸系统中有效复制，并在hACE2小鼠中导致明显的肺部病变。值得注意的是，突变株B.1.351与疫情初期流行毒株相比可导致hACE2小鼠产生更严重的临床症状。通过揭示详细的感染和致病特征，我们同时建立了一种新的SARS-CoV-2感染小鼠模型，该模型有利于针对突变株的疫苗或药物体内有效性的评价。

急性肠胃炎（AGE）是发展中国家儿童主要的感染性疾病之一。随着轮状病毒疫苗的使用，诺如病毒已成为全球范围内AGE暴发和散发的主要病毒病原。诺如病毒主要通过基因重组和抗原漂移不断进化。因此，监测人群中诺如病毒的基因型变化，在流行病学和疫苗开发中都具有重要意义。本研究从2018年11月到2020年9月，对北京地区散发儿童AGE病例中诺如病毒的感染情况及病毒基因型进行了分析。结果发现，儿童AGE病例中，诺如病毒阳性检出率为30.7％，重组GII.4 [P31]基因型为主要流行株。

目前，犬流感病毒（Canine Influenza Virus, CIV）包括两个亚型：马源H3N8亚型犬流感病毒（H3N8 CIV）和禽源H3N2亚型犬流感病毒（H3N2 CIV）。而且，犬被认为是A型流感病毒的潜在“混合器”。马流感病毒（Equine Influenza Virus, EIV）主要包括佛罗里达 1型H3N8马流感病毒 (FC1 H3N8 EIV) 和佛罗里达2型H3N8马流感病毒 (FC2 H3N8 EIV)。FC1 和FC2 分别在北美流行和我国流行。另外，在北美犬群中流行的H3N8 CIV也是来源于FC1 H3N8 EIV。尽管在我国暂未见H3N8 EIV感染犬只的报道，但是我们应该时刻警惕FC2 H3N8 EIV跨种感染犬群的风险。因此，本研究通过将FC2 H3N8 EIV人工感染犬只，从而评估该病毒对犬的致病性和传播风险。结果显示，接种FC2 H3N8 EIV的犬仅出现了血清转阳，极有限的鼻腔排毒和鼻甲骨病毒复制，并未出现任何呼吸道症状和病理损伤。从研究结果可见，人工接种的情况下，FC2 H3N8 EIV对犬表现为无症状感染，也说明该病毒暂未完全形成跨种传播感染犬的特性。

新冠疫苗的研发在以前所未有的速度进行。在一些国家，新冠疫苗已经获得对高危职业人群进行紧急免疫接种，还有一些国家已经对普通人群推行了新冠疫苗大规模免疫。由于世界范围内逐渐进行新冠疫苗大规模免疫，在此过程中一些关于新冠疫苗问题将会出现，例如疫苗引起的疾病增强作用；副反应；疫苗不信任，疫苗使用优先权决定等，在本文中作者总结了这些新冠疫苗大规模免疫中带来的问题以及应对措施。

随着病毒组学研究的快速发展，人类正以前所未有的速度发现大量的新病毒。然而，如何进一步研究这些病毒是一个巨大的挑战。传统方法在研究大量新病毒时显示出较大的局限性。本文介绍了计算病毒组学这一新兴领域，其定义为使用计算生物学方法来解决病毒组学研究中的问题。具体而言，计算病毒组学包括但不限于病毒基因组的鉴定、注释和分类，病毒组的进化，病毒表型的预测，病毒与宿主相互作用，病毒培养组学，以及病毒与人体健康的关系等多个研究方向。计算病毒组学仍处于起步阶段。考虑到全球病毒组的巨大多样性，我们需要更多的计算方法和实验工作来研究病毒组以及病毒组与宿主、环境的相互作用。